系统性红斑狼疮是一种全身性的疾病，可累多个器官和系统。
（1）几乎所有系统性红斑狼疮患者均有肾损害，约半数患者有狼疮性肾炎。表现为肾小球肾炎或肾病综合征，可见不同程度的水肿、血尿、蛋白尿、管型尿、高血压及肾功能损害，一旦发展为尿毒症，则成为患者死亡的常见原因。
（2）部分患者有肺部感染，体温升高，听诊有湿罗音。
（3）少数可发生各种急腹症，消化系统表现有腹泻、消化道出血、急性腹膜炎、肝大、黄疸等。
（4）20%患者有神经系统损伤，表现为抽搐、偏瘫、昏迷等。出现中枢神经损害常预示病变活动、病情危重、预后不良。血液系统最常见的是正色素细胞性贫血。