大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多短痕组织，形成慢性感染性管道。行走在内外括约肌附近，外口皮肤生长较快，常有假性愈合，引起反复发作。管道的感染多数为脓性感染，少数为结核性。
根据瘘口和瘘道的位置、深浅、高低及数目进行分类。
（1）外瘘和内瘘：外瘘至少有内外两个接口，一个在肛门周围皮肤上，多数距肛门2—3cm，称为外口，另一个在场腔内，多数在齿线处肛窦内，称为内口，少数内口在中齿线上方、直肠壁上。内瘘的内口与外瘘相同，并无伤口，临床所见90％为外瘘。
（2）低位瘘和高位瘘：瘘道位于肛管直肠环平面以下者为低位痪，在此平面以上为高位瘘。高位瘘对治疗方法的选择有关。
（3）单纯性肛瘦和复杂性肛痪；前者只有一个痞管，后者可有多个瘘口和瘘管。从临床治疗角度以肛瘘和括约肌的关系较重要，可分为：
①括约肌问型，是最常见一种，内口位于齿线，痞管在内外括约肌间行走，外口在肛门周围皮肤；②经括约肌型，即瘘管经外括约肌及坐骨肛管间隙而在肛周围皮肤上穿出；③括约肌上型，这不常见，瘘管同上穿破肛提肌而在肛门周围远处皮肤上穿出；④括约肌外型，这种少见，内口在齿线上直扬壁，外口在肛周远处皮肤上，瘘管在内外括约肌外，经肛提肌而下。