百日咳的病程通常历时潜伏期、炎症期、痉咳期、恢复期，当典型的痉咳出现，诊断并不困难。那么，在痉咳前期就对百日咳做出诊断是问题关键。
百日咳病初与一般伤风感冒症状很相似，仅表现为发热、打喷嚏、咳嗽等，一般很容易被人们当做感冒，但实际上只要对病儿细心观察，就可以发现，百日咳早期在临床上还是有特征的：
①随着感冒症状的消退，咳嗽却逐渐加重。
②咳嗽的特点是晚上重、白天轻、有阵发性咳嗽的趋势。
③咳嗽常伴呕吐。
④咳嗽重而体征少。
⑤查血象：白细胞总数增高及淋巴细胞明显增高。
⑥有百日咳接触史。
⑦新生儿或小婴儿有原因不明的阵发性青紫呼吸暂停。
怀疑小儿患百日咳时，还应当做有关检查。在医院，医生们常对疑似百日咳病人做细菌检查：鼻咽部分泌物涂片、通过吸附荧光的特异性抗体作用，在荧光显微镜下查找病原菌;还可作细菌培养，这对早期诊断百日咳很有意义。